Logo Trójmorza jest zarejestrowane w Urzędzie Unii Europejskiej ds. Własności Intelektualnej (EUIPO), który rozporządza znakami towarowymi i wzorami obowiązującymi w całej Unii Europejskiej.

Identyfikacja wizualna Inicjatywy Trójmorza jest prosta, dzięki czemu zapada w pamięć oraz zwraca uwagę na region Trójmorza i jego potencjał rozwojowy.

Logotyp składa się z cyfry 3, która ma wycięte części górnego i dolnego łuku, a także z napisu „Trójmorze” ("Three Seas"). Trójka użyta w logotypie jest symbolem potrzeb inwestycyjnych krajów, które przystąpiły do Inicjatywy w trzech głównych obszarach tj.: transport, energetyka i cyfryzacja. Symbolizuje również trzy morza graniczące z państwami Trójmorza: Adriatyk, Bałtyk i Morze Czarne.

Logo Trójmorza może być wykorzystywane przez państwa członkowskie, partnerów i osoby trzecie do promowania działań oraz wydarzeń, których wartości i cele pokrywają się z celami Inicjatywy Trójmorza.